John Hunter desde cedo demonstrou grande habilidade na sala de dissecções, tendo feito algumas descobertas importantes em anatomia.
Era um trabalhador infatigável a quem bastavam quatro a cinco horas de sono e que se aborrecia com a especulação teórica, muito em voga na época, sobre doutrinas e conceitos, sem nenhuma base experimental.
Foi o fundador da cirurgia experimental e a ele se deve a descoberta da circulação colateral nos casos de aneurisma, permitindo a ligadura da artéria logo acima do saco aneurismático.
Descobriu os canais lacrimais, descreveu o choque, a flebite e a intussuscepção intestinal e foi o primeiro a utilizar a sonda nasogástrica para alimentar o paciente.
Considerava a maioria das operações como mutilações que apenas atestavam a imperfeição da medicina e advertia a seus colegas cirurgiões para não agirem como um "selvagem armado".
Estabeleceu a diferença entre o cancro mole e o cancro duro e para dirimir a dúvida se a blenorragia e a sífilis eram uma só ou duas doenças, inoculou em si mesmo, no tecido subcutâneo, o pus recolhido de um paciente com blenorragia.
Apresentou todas as manifestações primárias e secundárias da sífilis, o que o convenceu de que se tratava de uma única doença. Lamentavelmente, é fora de dúvida que ele se auto-inoculou com material que continha tanto o gonococo como o Treponema pallidum.
Além de anatomista e cirurgião, John Hunter era um colecionador, tendo organizado em sua casa um verdadeiro museu de Anatomia, Patologia e História Natural. Não somente coletava e preparava pessoalmente os espécimes destinados à sua coleção, como os adquiria de terceiros, gastando todas as suas economias no contínuo enriquecimento do museu, que chegou a possuir 13.000 peças.
Não dispondo de espaço suficiente em sua residência, adquiriu uma pequena área nas cercanias de Londres, onde construiu a sede de seu museu e onde mantinha animais vivos para observar-lhes os hábitos e para seus estudos de cirurgia experimental.
Certa vez conheceu Hunter um irlandês de grande estatura, um verdadeiro gigante, de nome Byrne e desejou possuir o esqueleto dele para o seu museu.
Ao saber das pretensões de Hunter, Byrne não somente recusou-se a fazer a doação de seu esqueleto, em caso de morte, como deixou instruções precisas para que seu corpo fosse colocado em um caixão de chumbo e jogado ao mar.
Hunter não desistiu de seu intento e a idéia de se apropriar do esqueleto de Byrne tornou-se verdadeira obsessão. Passou a acompanhar os passos de Byrne que, amedrontado, fugia sempre de encontrar-se com seu perseguidor.
O destino favoreceu a Hunter.
Byrne veio a falecer e Hunter conseguiu subornar os responsáveis pelo seu sepultamento, adquirindo o corpo do gigante pela elevada soma de 500 libras esterlinas, importância que ele não possuía e teve de tomar emprestada.
O esqueleto do gigante é hoje um dos espécimes mais famosos do Hunterian Museum, em Londres.
Hunter faleceu aos 65 anos de idade de modo dramático. Sofria insuficiência coronariana com crises de angina do peito e chegou e prever o seu fim com as seguintes palavras: "minha vida está nas mãos de qualquer canalha que queira me aborrecer e contrariar". Em uma reunião da Diretoria do Hospital St. George em que se discutia quem seria o seu sucessor no Hospital, teve uma discussão acalorada com seus interlocutores e caiu fulminado por um infarto agudo do miocárdio.